 | JACQUES(-DERIC) ROUAULT
THEMES DE RECHERCHE (RESUME) Parmi les 30 SuperFamilles connues d'élements transposables, je m'intéresse plus particulièrement à la SuperFamille Tc1-Mariner-IS630. Cette Superfamille se caractérise par une structure commune simple : une ORF unique qui code la transposase, avec un site catalytique DDE ou DDD, des ITRs (Inverted Terminal Repeats) d'au moins 15-20 paires de bases, un TSD (Target Site Duplication ou Site d'Insertion) de 2 paires de base (TA). Les éléments de cette SuperFamille ont été trouvés chez les bactéries et les archées, chez les protistes, chez les plantes, chez les champignons, chez les animaux (arthropodes, nématodes, chordés dont l'homme, ...) et même chez certains virus. La base de données TrEl5 centralise environ 5000 séquences connues de cette SuperFamille. Ces séquences sont issues de publications, de bases de données (GenBank, ISFinder), de recherche directe dans les génomes séquencés ou de collaborations. J'ai développé une méthode originale de classification hiérarchique ascendante UPGM-VM qui permet de définir les différentes Familles, SousFamilles ou Tribus. Cette approche se distingue de la méthode UPGMA par l'absence de consensus (A = arithmetic mean) et par l'introduction de la technique de variation de la métrique (VM) qui permet de réduire le poids des gaps dans les séquences alignées de 1 à 0 au cours du processus d'agrégation. Cela permet d'integrer dans la même classification des séquences nucléotidiques vivantes, mortes ou fossiles, complètes ou incomplètes. Un programme de classement automatique permet d'identifier la Famille, la SousFamille et la Tribu d'une séquence nucléotidique inconnue sur la base des distances établies par la classification. THEMES DE RECHERCHE (DETAILS) CURRICULUM VITAE COMMUNICATIONS SCIENTIFIQUES COLLABORATIONS OUTILS INFORMATIQUES MON SITE PERSONNEL : 3 sites miroir (où je développe certaines approches théoriques ou appliqués) http://jacquesderic.free.fr/RastellToull/RT_A1_PageDAccueil.html http://jacquesderic.pagesperso-orange.fr/RastellToull/RT_A1_PageDAccueil.html http://jacquesderic.ouvaton.org/RastellToull/RT_A1_PageDAccueil.html Version 1.4 du 20120903 |
